北京公共卫生信息中心位于北京市宣武区北纬路59号。它是北京市卫生局下属的一个全额资助的机构。主要组织规划、建设和实施北京市卫生局综合指挥调度信息平台、北京妇幼保健网络信息系统、北京市卫生监督执法综合信息管理系统、北京市疾病监测预警、健康信息综合采集平台、北京市卫生电子政务平台、社区卫生综合管理信息系统、新型农村合作医疗管理信息系统、血液管理信息系统、安全保障信息系统北京市公共卫生信息中心负责组织实施北京市公共卫生信息系统建设规划，实施北京地区卫生信息资源整合的具体工作，以及相关公共卫生信息数据的统计分析。形成了北京公共卫生地理信息系统成果、公共卫生地理信息系统层次分类标准、北京公共卫生信息系统指标代码体系和数据结构等。